Очень достойная замена Total Commander это GNOME Commander, но есть одна ошибка в нем которая легко обходится. Когда вы добавляете новое соединение ftp или ssh и по каким либо причинам программа падает, то соединение не сохраняется, по этому чтобы не добавлять постоянно одно и тоже соединения добавьте его и перезагрузите Commander. Может это старая версия, но этот способ на ней работает gnome-commander 1.2.8.2, в новой возможно уже и поправили.